Nguyễn Văn Thành vẫn như cũ không nhận tội, ông cung kính trước Vua Gia Long: "Thưa Kim Thượng bài thơ này đích thị do con trai hạ thần lúc say rượu viết, nhưng thần thiết nghĩ cũng chỉ là một lúc cao hứng không thể quy tụ hai câu thơ cuối là phản nghịch được, lòng trung thành của hạ thần đối với Kim Thượng trời đất chứng giám."
Lê Văn Duyệt nghe xong không khỏi cười mỉa, nhìn về phía quan Thiêm sự Hình bộ là Nguyễn Hữu Nghi, ông này vốn đã có thù oán với Nguyễn Văn Thành từ trước nên đã cùng Lê Văn Duyệt cấu kết để lật đổ ông ta ra khỏi triều chính, bây giờ nghe Nguyễn Văn Thành cứng rắn đáp lời biết việc không tốt, nếu như để Hoàng thượng nhớ đến ân tình cũ nói không chừng sẽ bỏ qua cho Nguyễn Văn Thành.
Tròng mắt ông ta xoay chuyển bèn tiến lên trước dâng tiếp cáo trạng: "Thưa Kim Thượng, hạ thần còn có việc muốn tấu."
Vua Gia Long nhíu mày lên tiếng: "Nói!"
"Dạ thưa, Tiền Quân đại nhân nói như thế cũng không sai nhưng ở chỗ hạ thần còn một bảng cáo trạng bên trong để cũng là do Nguyễn Văn Thuyên đích thân viết cho Nguyễn Trương Hiệu, Thuyên vì lo sợ bị người phát hiện nên đã cho người mua chuộc Nguyễn Trương Hiệu, xin Kim Thượng xem qua." Ông ta nói xong còn dâng lên cho Phương công công.
Phương công công trở lại bên cạnh Vua Gia Long, Vua Gia Long mở ra xem bên trong viết: Thử hồi nhược đắc sơn trung đế. Tả ngã kinh luân chuyển hóa cơ.
(Nghĩa là : Thời nay, nếu mà có được vị chúa trong núi kia ở bên cạnh để ta lo sắp đặt thì có thể xoay chuyển được cơ trời).
Câu thơ hàm ý bội nghịch Vua Gia Long có chút thất vọng nhìn Nguyễn Văn Thành, sau đó ném xuống trước mặt ông ta. Nguyễn Văn Thành cúi người nhặt lên ông đọc xong chỉ biết cười khổ, con trai ông lần này lại gây ra tội lớn rồi.
Cả triều bắt đầu nghị sự, mọi người đều muốn dồn ông vào chỗ chết, Phúc Đảm nhìn ông ta có chút đáng thương, tuy bình thường ông ta điều hay phản đối hắn nhưng không đến nỗi phải buộc tội phản nghịch, nhìn không được hắn bước lên xin giúp: "Vua cha theo nhi thần thấy bên trong còn nhiều uẩn khúc cần phải tra xét lại."
Lê Văn Duyệt tâm tình không vui phản đối hắn: "Thái tử, Tiền Quân tội chứng rành rành ra đó, người còn bảo tra xét không phải quá bất công."
Phúc Đảm quay đầu trừng mắt nhìn Lê Văn Duyệt, hắn còn muốn nói lại ông ta thì đã bị Vua cha cắt ngang, Vua Gia Long giọng nói có chút ưu buồn đưa ra phán quyết: "Không cần nói tiếp, mang Nguyễn Văn Thuyên và những người có liên quan giam vào ngục Quảng Đức từ từ tra xét, bãi triều."
Vua Gia Long mệt mỏi đi vào trong, Nguyễn Văn Thành khóc quỳ xuống bái tạ rồi lủi thủi đi ra ngoài trước, ở đây ngoại trừ Phúc Đảm thương hại nhìn ông thì chỉ toàn là những ánh mắt ganh ghét cùng đố kị.
Phúc Đảm mặt mày cau có trở về Điện, Nguyệt Hoa vừa đi ra nhìn thấy không khỏi cảm thấy lạ, nàng lên tiếng hỏi: "Sao hôm nay chàng trở về sớm thế?"
Phúc Đảm bị nàng hỏi làm cho sực tỉnh, hắn qua loa đáp: "Trong triều cũng không có gì đặc biệt, Vua cha cho bãi triều sớm. À lúc này bên trong điện sao rồi?''
Nguyệt Hoa thông minh làm sao không nhận ra hắn không có ý định nói thật, nàng cũng không cố chấp dò hỏi nữa, liền bẻ lái sang Nguyễn Thị vừa mới mang thai nói cho hắn nghe, Phúc Đảm gật đầu rồi bảo: "Nàng cứ tự quyết đi, ta muốn đi nghỉ ngơi một chút."
"Dạ!" Nguyệt Hoa nhìn bóng lưng hắn đi rồi, cũng chỉ thở dài lấy ra sổ sách xem tháng này thu chi bao nhiêu. Nhưng nghĩ cũng không ổn nàng còn căn dặn cho người nấu đồ tẩm bổ cho Phúc Đảm dùng, lúc này đi sớm về khuya chắc hẳn cũng mệt mỏi, uống chút đồ tẩm bổ cũng tốt.
Vụ việc của Nguyễn Văn Thành ai nghĩ cũng đã bình ổn, nhưng quan đại thần không dễ bỏ qua như vậy, một hôm quan Kí lục của Quảng Trị là Nguyễn Duy Hòa dâng sớ hạch tội Nguyễn Văn Thành làm việc trái phép, Vua giao cho triều thần bàn nghị. Việc này đã có chép ở chuyện Nguyễn Duy Hòa.
Tháng 2, Vua làm lễ tế dàn Nam Giao, các quan ở bộ Lễ nói rằng Nguyễn Văn Thành không nên tham dự. Vua Gia Long liền nói: "Nguyễn Văn Thành là trọng thần, tuy con của hắn có việc mờ ám, nhưng ta há lại nghe lời của một bên để rồi vội bỏ xa bậc huân cựu hay sao?''
Ngày đó Nguyễn Văn Thành vẫn tham dự, Vua Gia Long đi thẳng vào bên trong, Nguyễn Văn Thành chạy thẳng đến nắm áo ông, khóc lóc mà nói rằng: "Tôi từ thuở bé đến nay đi theo Kim Thượng, vốn chẳng có tội gì, nay bị người ta bịa dặt để hãm vào tội lỗi, lẽ đâu Kim Thượng nhìn chúng giết tôi mà không cứu giúp một chút?"
Nguyễn Đức Xuyên thấy thế, hét to lên: "Ngươi có tội hay không có tội, việc đó đã có công nghị của triều đình sao lại dám vô lễ, xuống ngay!"
Sau ngày đó, Vua Gia Long cấm không cho Nguyễn Văn Thành vào triều và sai Lê Văn Duyệt tra xét vụ án Nguyễn Văn Thuyên. Mới tra một lần, Nguyễn Văn Thuyên đã thú tội, Nguyễn Văn Thành cũng sợ hãi mà nhận. Vua Gia Long đem tờ biểu của Nguyễn Văn Thành cho các quan xem. Quan Lễ bộ Thượng thư là Phạm Đăng Hưng tâu: "Nguyễn Văn Thành chỉ khéo nói úp mở, lấy khôn vặt để dối triều đình, xin nhận tội như thế này chưa phải là thực tâm đâu."
Quần thần xin giam Nguyễn Văn Thành vào ngục, Vua Gia Long niệm tình Nguyễn Văn Thành theo mình thuở bé không muốn tránh phạt nặng nói: "Nguyễn Văn Thành hiển nhiên là có tội, nhưng theo lễ, đối xử với đại thần cũng phải khác." Nói xong, ông sai thu ấn của Nguyễn Văn Thành và cho về ở nhà riêng. Nghị án xong, quần thần lại tâu rằng, cha con Nguyễn Văn Thành đáng xử tử, chỉ có quan Tham tri của bộ Lại là Trần Văn Tuân nói: "Nguyễn Văn Thành không biết dạy con là tội nhẹ, còn Nguyễn Duy Hòa dám hạch cả đại thần là tội nặng."
Vua Gia Long nhắm mắt, mở miệng nói: "Thế thì khóa miệng người ta lại hay sao? Đó không phải là chính danh đâu." Ông phất tay sai đình thần bàn lại. Đúng lúc đó, Diên Tự Công của họ Lê là Lê Duy Hoán mưu phản, việc bị phát giác, các quan ở Bắc Thành trấn áp đưa giải Lê Duy Hoán vào kinh.
Vua Gia Long nhân đó sai các quan ở bộ Hình xét hỏi. Lê Duy Hoán lại khai rằng Nguyễn Văn Thuyên gởi thư giục nó làm phản. Bộ Hình dâng lời khẩu cung lên, triều đình xin bắt cha con Nguyễn Văn Thành để trị tội.
Năm Gia Long thứ mười sáu tức năm 1817, mùa hạ, Vua Gia Long ra lệnh bắt Nguyễn Văn Thành cùng các con giam hết ở Quân xá Thị trung để đình thắn xét hỏi lại. Nguyễn Văn Thành được đưa đến Vũ Công Thự xét hỏi: "Muốn làm phản à?"
Nguyễn Văn Thành đáp: "Không!''
Ông ta lại hỏi tiếp: "Có tham dự hay biết chuyện đó không?"
Nguyễn Văn Thành vẫn như cũ đáp: "Không!''
Sau màn đối đáp, Nguyễn Văn Thành đi ra mặt giận hằm hằm trở về đến Quân xá, ông nói với quan Thị trung Thống chế Hoàng Công Lý: "Án xét đã xong, vua bắt bề tôi phải chết mà bề tôi không chết là bề tôi bất trung." Không lâu sau ông đi nằm nghỉ, lấy thuốc độc tự tử.
Quân lính của Nguyễn Văn Thành lấy được bản trần tình của ông, Hoàng Công Lý dâng vua. Lời trần tình có câu rằng:
- Sớm rèn tối đúc, tạo cho cha con tôi tội cực ác, không thể tố cáo vào đâu được, cho nên chỉ biết chết mà thôi.
Vua Gia Long cầm tờ trần tình mà thương khóc rồi dụ rằng: Nguyễn Văn Thành theo trẫm từ lúc còn ít tuổi, từng chịu gian nan và lập được công to, nay bỗng chốc mà ra thế này, trẫm không hay biết trước để bảo toàn sứ mạng tức là đức của trẫm đã bạc rồi vậy.
Vua hỏi Phạm Đăng Hưng rằng: "Nên táng Nguyễn Văn Thành theo lễ nào?"
Phạm Đăng Hưng liền tâu: "Táng theo lễ thứ nhân."
Vua Gia Long im lặng, sau sai một viên Cai đội ở Trung quân đem ba mươi người lính đi lo việc tang, cấp cho 500 quan (ngang với tiền trả mũ áo khi về hưu), lại cho thêm ba tấm gấm Tống và vải lụa cộng là mười tấm. Các con của Nguyễn Văn Thành đang giam đều tha cho ra khỏi tù cả.
Trước đó một thời gian Phúc Đảm bị Vua Gia Long bắt ở yên trong điện, chuyện trong triều đình hắn không cần phải tham dự, Phúc Đảm cũng hiểu đây là Vua cha muốn đích thân giải quyết mấy vị công thần, cho dù hắn là thái tử cũng không nhất thiết phải xen vào vụ án này, cũng như động chạm vào hoàng quyền trong tay ông.
_________________________________